假设父提供生父基因成为孩子生父的可能性和随机男人提供生父基因成为孩子生父的可能性的比值叫作亲权指数（paternity index，PI）。前一种可能性假设为X；后一种可能性假设为Y。上例中的假设父2基因型为24/25杂合子，他提供生父基因FGA-25的可能性为1/2，即X=1/2。随机男人提供生父基因FGA-25的机会为该基因的频率，即Y=0.0958。因此，此例的PI值为0.5/0.0958=5.22。如果假设父2的确是孩子的生父，则不论检测多少位点，均不会排除他与孩子的亲生关系，在所有检测的位点，每一个位点就可以计算出一个PI值，多个位点的累计PI值等于各个位点PI值的乘积，但前提条件是所检测的各位点之间没有遗传连锁关系。
三联体基因型组合的可归纳为三条原则：
（1）当假设父为纯合子时，X=1；假设父为杂合子时，X=1/2，但杂合子假设父的2个基因均可能是生父基因时，X=1。
（2）只涉及1个生父基因时，Y值等于生父基因的频率。
（3）若涉及2个生父基因时，Y值为2个生父基因频率之和。
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